Franz Joseph I. war formal das gemeinsame konstitutionelle Staatsoberhaupt (Personalunion), unter dessen Leitung sowohl die Außenpolitik, das gemeinsame Heer und die Kriegsmarine sowie die dazu nötigen Finanzen in den entsprechenden drei Reichs-, später k. u. k. Ministerien mit Sitz in Wien gemeinsam verwaltet wurden (Realunion): k. u. k. Außenminister; Vorsitzender im gemeinsamen Ministerrat k. u. k. Kriegsminister Gemeinsamer Finanzminister (Die angeführten Lemmata enthalten Listen aller Amtsträger bis 1918.) Alle anderen Angelegenheiten konnten Österreich und Ungarn von nun an getrennt regeln (es kam jedoch freiwillig zu einem gemeinsamen Währungs-, Wirtschafts- und Zollgebiet). Mit dem Abschluss des Ausgleichs waren jedoch keinesfalls alle Streitpunkte ausgeräumt. So hatte sich Ungarn eine Adaptierung alle zehn Jahre zusichern lassen. Die Verhandlungen dazu wurden von den Ungarn vor allem mit dem Ziel der Schwächung der noch vorhandenen Bande und der Verbesserung ihrer wirtschaftlichen Position gegenüber Cisleithanien geführt. Die sich jeweils über viele Monate oder gar Jahre hinziehenden Verhandlungen der entsprechenden Kommissionen schufen ein Klima der permanenten Konfrontation und belasteten das Verhältnis zwischen den beiden Teilen der Realunion bis zur Planung eines Militäreinsatzes. Es zeigte sich, dass der Einfluss Franz Josephs I. als ungarischer König auf die ungarische Innenpolitik weit geringer war als jener auf die Regierungen in Cisleithanien als österreichischer Kaiser. Eines seiner letzten Druckmittel gegenüber den Ungarn blieb die Androhung der Einführung allgemeiner und freier Wahlen. Der Ausgleich mit Ungarn, der Ungarn eine weit reichende staatliche Autonomie gebracht hatte, führte allerdings zum Protest anderer Nationalitäten, insbesondere der Slawen. Konkrete Forderungen nach einem ähnlichen Ausgleich wurden vor allem von den Tschechen für die Länder der böhmischen Krone (Böhmen, Mähren, Österreichisch-Schlesien) erhoben. Die unberücksichtigten Interessen anderer Nationalitäten und die ungarische Magyarisierungspolitik führten zu ethnischen Spannungen und zu Begriffen wie „Völkerkerker“. Andererseits prosperierte die Doppelmonarchie als gemeinsamer Wirtschaftsraum mit gemeinsamer Währung. Die nichtdeutschen Nationalitäten hatten in Österreich, wo alle Nationalitäten zumindest de jure gleichberechtigt waren, wesentlich bessere Bedingungen als die nichtmagyarischen in Ungarn, das auf Magyarisierung der anderen Hälfte der Bevölkerung setzte. Dies betraf vor allem den Unterricht in der Muttersprache (obwohl höhere nichtdeutsche Schulen oft erkämpft werden mussten), die Verwendung der Muttersprache bei Ämtern und Behörden (Antworten in der Sprache des Antragstellers mussten allerdings erst gesetzlich vorgeschrieben werden) und die Vertretung im Reichsrat, dem Parlament Österreichs. Diese Vertretung wurde allerdings sehr unterschiedlich genützt. Die Polen im Kronland Galizien arbeiteten – durch Steuergeschenke und Investitionen geködert – oft konstruktiv mit und stellten zeitweise Minister oder sogar den Ministerpräsidenten (Kasimir Felix Badeni, Agenor Gołuchowski der Ältere, Agenor Gołuchowski der Jüngere, Alfred Józef Potocki oder Leon Biliński). Viele tschechische Politiker bestritten die Zuständigkeit des Reichsrates für die Länder der böhmischen Krone grundsätzlich, sodass dort schon früher als in anderen Kronländern die Direktwahl der Abgeordneten vorgeschrieben werden musste. Tschechische Reichsratsabgeordnete machten die Beratungen des Abgeordnetenhauses immer wieder durch Lärmorgien unmöglich (Obstruktionspolitik), worauf die Regierung dem Kaiser die Vertagung des Reichsrates vorschlug und mit provisorischen Verordnungen weiterregierte. In Ungarn waren die nichtmagyarischen Nationalitäten, welche die Hälfte der Bevölkerung ausmachten, durch Schulgesetze und Wahlrecht diskriminiert. Im Unterschied zu Österreich, wo dies bei den Reichsratswahlen 1907 gelungen war, wurde in Ungarn bis zum Ende der Doppelmonarchie kein allgemeines und gleiches Männerwahlrecht eingeführt. Vorrechte von Stand und Besitz waren in Ungarn wesentlich stärker maßgebend als in Österreich. Die herrschende Schicht Ungarns arbeitete im Rahmen ihrer politischen Möglichkeiten daran, Ungarn möglichst vollständig von Österreich unabhängig zu machen. Kaiser und König Franz Joseph I. war nach dem Ausgleich penibel darauf bedacht, seine beiden Monarchien gleich zu behandeln. Dies erstreckte sich bis zur Frage der Namensgebung für neue Schiffe der k. u. k. Kriegsmarine; Franz Joseph I. lehnte Namensvorschläge ab, die Ungarn (Magyaren) benachteiligt hätten. Der nach dem Selbstmord von Kronprinz Rudolf 1889 und dem Tod seines Vaters 1896 designierte Thronfolger Erzherzog Franz Ferdinand hingegen verbarg seine Abneigung gegen die herrschende Klasse Ungarns und ihre Magyarisierungs- und Erpressungspolitik gegenüber der Krone nicht und plante in seiner Militärkanzlei (er wurde 1913 Generalinspektor der gesamten bewaffneten Macht) im Schloss Belvedere einen auf die Armee gestützten Umbau der Doppelmonarchie nach dem Tod Franz Josephs I. Sein Vorhaben, aus der Doppelmonarchie durch gleichberechtigte Beteiligung der Südslawen als drittes Staatselement (Trialismus) eine „Tripelmonarchie“ zu machen, wäre wohl nur im Bürgerkrieg mit den Ungarn zu realisieren gewesen. Außerdem hätten die dann nach wie vor benachteiligten Tschechen wohl nicht unbeteiligt zugesehen. Auf Initiative Franz Ferdinands wurden außerdem Modelle zur Umwandlung der Monarchie in einen ethnisch-föderativen Staat entworfen (Modell der Vereinigten Staaten von Groß-Österreich nach Aurel Popovici), die jedoch nicht zur Realisierung kamen. Bei den Olympischen Spielen 1900–1912 nahm neben den Mannschaften aus Österreich und aus Ungarn eine eigene Mannschaft aus Böhmen teil. 1905 kam es im Königreich Ungarn, nach den dortigen Parlamentswahlen, zur Ungarischen Krise, bei der die ungarische Unabhängigkeitspartei ohne parlamentarische Mehrheit regierte und eine Trennung der gemeinsamen österreichisch-ungarischen Armee forderte, was de facto das Ende der Doppelmonarchie bedeutet hätte. Kaiser und König Franz Joseph I. rief 1906 Neuwahlen aus und beendete die Krise. 1908 brach im Osmanischen Reich die jungtürkische Revolution aus. Österreich-Ungarn wurde dadurch daran erinnert, dass Bosnien und die Herzegowina zwar von der k. u. k. Monarchie seit dreißig Jahren okkupiert und verwaltet wurden, jedoch formal Teile des Osmanischen Reiches geblieben waren. Franz Joseph I. sah nun die Chance, „Mehrer des Reiches“ zu werden und stimmte dem Annexionsplan des gemeinsamen Finanzministers zu, wonach Außenminister Graf Aehrenthal am 5. Oktober 1908 zur förmlichen Einverleibung jener Gebiete schritt. Der einseitige, von keiner internationalen Konferenz unterstützte Rechtsakt, das Hoheitsgebiet der k. u. k. Monarchie auf Bosnien und die Herzegowina zu erstrecken, verursachte in Europa die „Bosnienkrise“. Dabei wurde klar, wie wenige Verbündete Österreich-Ungarn im Kriegsfall haben würde. 1908 beging Franz Joseph I. auch sein 60-Jahre-Jubiläum als Kaiser von Österreich. Kaiser Wilhelm II. und fast alle Oberhäupter der deutschen Teilstaaten gratulierten aus diesem Anlass persönlich in Wien. Ungarn sah sich „nicht zu Kundgebungen veranlasst“, war Franz Joseph I. doch bis zu seiner Krönung in Ungarn 1867 als Fremdherrscher empfunden worden. In Prag und Laibach kam es 1908 zu Ausschreitungen gegen die Deutschen als herrschendes Volk in der österreichischen Reichshälfte.